Fakultas Pertanian pada awal berdirinya pada tahun 1985 hingga beralih status menjadi Perguruan Tinggi Negeri pada tahun 2013 berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 37 Tahun 2013 tanggal 13 Mei 2013 tentang Penegerian Universitas Samudra, merupakan tonggak sejarah awalnya Universitas Samudra beralih status menjadi salah satu Perguruan Tinggi Negeri di Indonesia, Fakultas Pertanian UNSAM memiliki 2 (dua) Jurusan yaitu Agroteknologi dan Agribisnis, baru pada awal tahun ajaran 2015/2016 berkembang menjadi 3 (tiga) prodi yaitu Prodi Agroteknologi, Prodi Agribisnis dan Prodi Budidaya Perairan sebagai prodi baru di Fakultas Pertanian UNSAM.
Status Perguruan Tinggi Negeri yang baru bagi Universitas Samudra merupakan momentum untuk meningkatkan daya panggil bagi lulusan SMU di kawasan timur Aceh yaitu Aceh Timur, Kota Langsa dan Aceh Tamiang khususnya, dan kabupaten lain di Provinsi Aceh Serta Provinsi tetangga seperti Sumatera Utara, Sumatera Selatan, Sumatera Barat dan Riau pada umumnya. Hal tersebut dapat dilihat dari asal mahasiswa Universitas Samudra dalam 2 tahun terakhir ini yang diminati oleh lulusan SMU dari luar Aceh yaitu Sumatera utara, Sumatera Selatan, Sumatera Barat dan Riau.